Podría pensarse que las aguas del Pacífico en el sur de Chile tendrían un menor impacto relacionado con el evento cálido de El Niño. Sin embargo, la experiencia de episodios anteriores demuestra que los cambios en la temperatura del agua, los vientos y las corrientes pueden generar aguas estancadas con una composición diferente. Esto, a su vez, incrementa el riesgo de proliferación de determinadas especies de algas que pueden convertirse en un problema grave cuando provocan floraciones algales nocivas (FAN).
Estas floraciones son peligrosas porque pueden irritar las branquias de los salmónidos y, cuando las algas mueren de manera masiva, su descomposición puede reducir considerablemente los niveles de oxígeno en el agua. No se trata de un fenómeno menor: en 2016, El Niño contribuyó a un episodio de mortalidad masiva que provocó la muerte de aproximadamente 27 millones de salmones y truchas en la Región de Los Lagos, en Chile. Otro problema relacionado es la alteración de la tasa de crecimiento, debido a que disminuye la eficiencia de conversión alimenticia y aumenta la mortalidad.
Científicos chilenos y asociaciones de productores están uniendo esfuerzos para identificar patrones en el fitoplancton que les permitan predecir cuándo podría producirse una floración algal nociva. Asimismo, están estudiando qué medidas deberían adoptarse para reducir las posibles pérdidas.
Sin embargo, otros factores de mercado están aumentando los riesgos para la industria salmonera: los menores precios del salmón y la trucha, el incremento de los costos de transporte y los precios récord de la harina de pescado - uno de los principales ingredientes de los alimentos balanceados - también están afectando al negocio.